样本选取

9头健康的西门塔尔公牛。分为三组：青春期前（TY0，n=3，1周龄小牛）、青春期（TY1，n=3，约1岁公牛）和青春期后（TY2，n=3，约2岁公牛）。

 

研究结果

1）青春期前后睾丸組组织形态差异显著：生耩小管的直径随睾丸发育逐渐增大。

2）DRS測测序共监定到56，560个牛的编码基因，包含97，802个转录本。对比参考转录本长度，优化后转录本的中位长度长于NCBI中公牛基因组（Btau_5.0.1）中的注释长度。

3）任意两组之间比较共鉴定了15，636个DEG和23，932个DE1，其中9，641个基因在DEG和DE之间重叠。大多数DEG和DEI参与睾丸发育和精子发生。

4）与睾丸重量（TM）相关的枢纽基因的Poly（A）长度与TPM呈显著负相关。hub基因中最丰富的AS事件是SE，最多的DAS事件是A3。不同的DAS事件在TY0和TY1/TY2组之间的表达水平具有显著差异。5）3个枢纽基因中MAEL DAS事件的剪接位点上存在丰富的m5C位点，且 TY1和TY2组中的m5C位点数量均显著高于TY0组。说明m5C位点促进DAS事件的发生，进而产生不同的转录本增加MAEL基因的表达。

样本选取

2周龄幼苗的叶、根和茎，未开放花蕾的雌蕊和雄蕊，以及成熟种子的胚，共6种组织，每种组织各2个重复。

 

研究结果

1）共鉴定出45707个表达的转录本，对应于34768个基因。其中1756个新isoforms存在内含子保留。

2）约48.8%的基因和37.9%的isoforms在所有6个组织中普遍表达。不同比较组“中DEG和DEI数量不同。

3）28059个转录本含有81722个m6A修饰位点，25869个转录本含有338907个

m5C修饰位点，每个组织中的修饰位点数量不同。m6A和m5C修饰位点主要分布在CDS区域，并井在终止密码子前达到峰值。同时具有2种修饰的转录本数量占一半以上，且具有m5C修饰的转录本中有超过75%的转录本同时具有m6A修饰。

4）含有修饰的转录本具有更高的表达水平和更短的Poly（A）尾。同时含有2种修饰的转录本或仅含m5C修饰的转录本的表达水平均高于仅含有m6A修饰或未经修饰的转录本。RNA修饰对Poly（A）尾长度的影响与其对表达水平的影响形成对比。Poly（A）尾长度在所有组织中均表现出与转录本表达水平负相关。

5）大多数m6A和m5C修饰的基因位于数量性状基因座内。
 

参考文献

ShenHe L, et al. MAEL gene contributes to bovine testicular development through the m5C-mediated splicing. iScience, 2023

Feng Y, et al. Identifying RNA Modifications by Direct RNA Sequencing Reveals Complexity of Epitranscriptomic Dynamics in Rice. Genomics Proteomics & Bioinformatics, 2023