单细胞全长转录组测序,是指使用Nanopore测序技术直接读取10X Genomics处理单细胞后,反转录的全长cDNA,通过分析对每个细胞的lsoform进行鉴定和定量,并检测单细胞水平的可变剪切事件。单细胞全长转录组测序通过结合单细胞的优势以及三代长读长技术,将单细胞转录组分析从基因水平提升至Isoform水平。
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案例解析 长读长测序对人和小鼠单细胞全长异构体的综合鉴定(Genome Biology,IF=13.583)
作者基于10X Genomics平台开发了单细胞异构体测序技术(FLT-seq)和数据分析流程(FLAMES),整合了短读长和Nanopore测序技术的优点,可以检测和定量单个细胞的Isoform。识别出数干种未被注释的Isoform。在不同的细胞群体中发现了保守的功能模块。该方法揭示了以前未发现的Isoform复杂性,为多组学数据集提供了一个更好的框架。
材料:scmixology混合细胞系(scmixology1和scmixology2)、小鼠静态和活化肌肉干细胞(MuSCs)、来自患者(CLL2)的外周血单核细胞(PBMC)。
按照与参考转录本的比对情况,将转录本主要分为4种剪接类型,且在不同样品中的丰度不同。3个人样本中,均有许多特异转录本。CLL细胞和静止的肌肉干细胞具有更高比例的新转录本,约80%的基因可以表达多种isoform。每个基因平均表达3-6个isoform,且两种表达量最高的isoform占总数的80%。细胞受多种因素影响以一定频率随机选择isoform,包括转录活性和细胞异质性。在每个样品中鉴定了500-1,000个基因具有差异转录本(gDTU)。近一半的gDTU在scmixology1和scmixology2之间共享。揭示了不同样品之间共享通路,尤其是与转录和翻译相关的通路。RPS24是小鼠和人之间高度保守的基因,不同的RPS24 isoform表达具有组织特异性,有些与肿瘤发展相关。而二代数据的基因水平分析中缺失了RPS24 isoform表达的异质性
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