案例解析 植物全长RNA图谱揭示了Poly(A)长度的组织特异性和进化保守性(Nature Plants,IF=17.352)
Poly(A)尾是真核生物mRNA的标志之一,在调节mRNA代谢和翻译中起重要作用。Poly(A)的长度受到Poly(A)聚合酶和去腺苷化酶的动态调控。然而目前植物mRNA Poly(A)尾信息的资源仍相对匮乏。
该研究选取拟南芥的7种不同组织,以及玉米、水稻、大豆的茎组织。共构建了20个FLEP-seq2文库,使用Nanopore MinlON芯片进行测序,建立了包含拟南芥7个不同组织以及水稻、玉米、大豆茎的带有Poly(A)信息的全长转录组数据库。数据库显示不同物种的Poly(A)长度分布非常相似,但也有一些差异:与拟南芥相比,水稻基有更多的带有极短Poly(A)尾的转录本。但同源基因的Poly(A)尾长在不同物种中相对保守,可能是自然选择的结果。该数据库能够在不同组织和不同物种的单基因水平对植物Poly(A)尾进行全基因组表征研究。
参考文献:
Jia J, et al. An atlas of plant full-length RNA reveals tissue-specific and monocots-dicots conserved regulation of Poly(A) tail length. Nature Plants, 2022