Direct RNA测序：不经反转录、⽆需扩增，直接读取全⻓含有Poly(A)尾的RNA（⽽不是cDNA），可以检测单个RNA分⼦上的m6A、m5C和假尿苷（Ψ）等修饰位点，能准确分析可变剪接、融合基因和鉴定新异构体；此外，还可对Poly(A)尾⻓度进⾏相对准确的估算，还原真实的RNA特征。是目前为止，独一无二的直接对mRNA，而非cDNA进行测序的开创性技术！

随着技术的更新，Direct RNA测序试剂盒RNA004问世，搭配龙8总区基因自主研发的RNA提取试剂盒和优化的建库方法，比RNA002试剂盒数据产量更大、数据准确度更高。准确度Q值中位值从原来的9-10提升到12-15。

为了回馈广大科研工作者一直以来的支持和信任，龙8总区基因特推出Direct RNA测序限时促销活动：

Direct RNA测序性能远超MeRIP-seq，RNA甲基化研究正式进入单碱基直接测序时代！！！

1、单碱基水平的甲基化修饰（同时检测m6A，m5C、假尿苷.......等一百余种RNA修饰）；

2、交付周期快，重复性好（直接测RNA，不需要抗体富集，实验操作简单，实验时间缩短至MeRlP-seq的三分之一）；

3、价格相当（RNA004价格大幅下降）。

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1. m6A位点修饰差异和转录本表达差异的关联

在m6A修饰reads有差异的转录本基础上，进一步筛选表达量差异的转录本，并对它们进行挖掘分析，直击表观修饰和转录表达的调控关系。Jiang et al., 2023中对m6A修饰差异的转录本进行通路分析，结果显示这些m6A修饰差异的转录本主要发生在脂肪酸和酒精代谢过程的关键代谢基因上。

图1 AL和Fast组之间具有显著差异的m6A修饰转录本富集分析获得的前5个通路的hub基因和网络图

2. 可变剪切与甲基化修饰关联分析

将同一基因可变剪切事件发生的概率和可变剪切所产生的转录本上的RNA修饰水平进行关联，获得某基因RNA修饰位点所依赖的特定剪切类型。

Liu et al., 2023中将MAEL基因的可变剪切与m5C和m6A修饰进行关联分析，发现这些差异可变剪切事件的剪接位点上存在丰富的m5C位点，且无论哪种差异可变剪切事件发生，TY1和TY2组中的m5C位点数量均显著高于TY0组。表明m5C位点可能促进差异可变剪切事件的发生，进而产生不同的转录本来增加MAEL基因的表达。

图2 可变剪切与甲基化修饰关联分析图

3. Poly(A)位点usage分析

发生可变多聚腺苷酸化的基因具有多个Poly(A)位点，为了分析实验组相比于对照组对于使用近端或远端Poly(A)位点的偏好性。我们通过计算两个PAC表达量比例倍数变化的比值shift来判断它们对Poly(A)位点偏好性的选择。

Li et al., 2023中分析了每个基因3'UTR上所有Poly(A)位点的相对位置和丰度，并选择了两个丰度最高的多聚腺苷酸位点(PAS)，根据其位置分别命名为近端PAS (pPAS)和远端PAS (dPAS)。结果显示，与S-2-B相比，S-4-B的转录本倾向于使用dPAS，这表明随着速生的进行，3'UTRs在节间底部区域延长。GO富集分析表明，S-2-B和S-4-B组织之间发生PAS转换的基因主要与蛋白质翻译和转运相关。

图3 Poly(A)位点使用偏好性

4. Poly(A)位点和长度的关联分析

为了研究近远端Poly(A)位点间是否存在Poly(A)长度的偏好，利用Poly(A)位点近远端的丰度比和Poly(A)长度的比例绘制九象限图，观察两者之间关系。

Gao et al., 2021文章中通过Poly(A)尾长与近远端Poly(A)位点进行关联分析，发现有2421个基因的Poly(A)尾长度表现出两倍的变化，表明具有远端Poly(A)位点的转录本比近端Poly(A)位点的转录本具有更长的Poly(A)尾。

图4 Poly(A)位点近远端丰度和Poly(A)长度的相关性

Direct RNA测序是目前转录组研究领域最先进的测序技术之一，也是当前最先进的集transcript结构鉴定、RNA修饰检测和Poly(A)特征解析于一身的转录组测序技术，是发表高分文章的必备利器。想要了解更详细的Direct RNA测序技术与应用，请点击：

Direct RNA文章影响因子分布

龙8总区基因作为国内最大的Nanopore测序服务商，已成功运用Direct RNA测序技术完成了超过2000份样本的测序服务，涵盖人类细胞与肿瘤样品、动植物组织及细胞样本、真菌和病毒等广泛生物类型，并基于此技术产出了一系列高水平研究成果，在多个科学期刊上发表了多篇重要文章。详询电话：027-62435310。

参考文献：

1. Chengfei Jiang, Ping Li, Yonghe Ma, Nao Yoneda, Kenji Kawai, Shotaro Uehara, Yasuyuki Ohnishi, Hiroshi Suemizu, Haiming Cao. Comprehensive gene profiling of the metabolic landscape of humanized livers in mice. Journal of Hepatology. 2023.

2. Liu S, Ma X, Wang Z, Lin F, Li M, Li Y, Yang L, Rushdi HE, Riaz H, Gao T, Yang L, Fu T, Deng T. MAEL gene contributes to bovine testicular development through the m5C-mediated splicing. iScience. 2023.

3. Li T, Wang H, Zhang Y, Wang H, Zhang Z, Liu X, Zhang Z, Liu K, Yang D, Zhang H, Gu L. Comprehensive profiling of epigenetic modifications in fast-growing Moso bamboo shoots. Plant Physiol. 2023.

4. Gao Y, Liu X, Wu B, Wang H, Xi F, Kohnen MV, Reddy ASN, Gu L. Quantitative profiling of N6-methyladenosine at single-base resolution in stem-differentiating xylem of Populus trichocarpa using Nanopore direct RNA sequencing. Genome Biol. 2021.